Les statuts de la FETAPH prévoient cinq (05) organes qui sont :

Le congrès, le conseil d’administration, le conseil national, la direction de programme et le commissariat aux comptes.

Le Congrès est l’instance suprême de la Fédération. Il définit la politique générale de la Fédération, élit le Conseil d’Administration

Le Conseil d’Administration est l’organe de supervision de la FETAPH, de planification, de contrôle et de prise de décision.

La Direction de Programme propose la planification des activités de la FETAPH au Conseil d’Administration qui la valide. Elle exécute les activités de la Fédération sous le contrôle de celui-ci.

Le commissariat aux comptes a pour rôle de vérifier la sincérité et la régularité des opérations comptables et donner quitus aux rapports financiers.

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